Flickr был запущен в феврале 2004 года компанией Ludicorp. Первоначально сервис возник как инструмент, созданный для игры «Game Neverending», массовой многопользовательской онлайн-игры, в ходе которой игроки могли сохранять изображения, размещать их на персональных страницах в Интернете и показывать друг другу. Но flickr оказался более осуществимым проектом, и в конечном итоге игра «Game Neverending» была отложена. Авторы проекта Стюарт Баттерфилд и Катерина Фейк увидели потенциал в социальном аспекте фотографии, так появилась идея «flickr». В 2005 году сервис был куплен Yahoo!. Сервис усовершенствовал дизайн, структуру сайта, а версия готовности сайта сменилась с беты на гамму. Как выяснилось позже, чрезвычайно редко используемый в сфере разработчиков термин «гамма» означает, что посетители активно пользуются сайтом и по их пожеланиям он постоянно совершенствуется. В декабре 2006 были увеличены лимиты хранения данных и ликвидированы ограничения в списке контактов. В 2007 году сервис Yahoo! Photos был ликвидирован со всеми фотографиями, кроме тех фотографий, что были перенесены на flickr с помощью специальной акции, устроенной Yahoo! до ликвидации.

20 мая 2013 Flickr представил переработанный дизайн и дополнительные возможности, в том числе 1 терабайт свободного места без ограничения на количество фотографий (предыдущие ограничения: 100МБ в месяц, показ только 200 последних фотографий и только в уменьшенном разрешении), бесшовное отображение фотографий, фото-обложку и обновлённое под систему Android приложение.

20 апреля 2018 года компания SmugMug объявила о покупке Flickr.

1 ноября 2018 новая команда сервиса Flickr объявила об уменьшении числа фотографий пользователя бесплатного аккаунта до 1000 фото (с прежнего объёма 1 Терабайт). Тем пользователям, у кого больше 1000 фотографий, предлагается перейти на платный сервис или обратно скачать лишние фото.